新农合住院门槛费（即起付线）的规定因医疗机构级别和地区政策而异，​​乡镇卫生院通常为100-300元，县级医院300-500元，市级医院800-1500元，省级医院2000元以上​​。特殊人群（如低保户、五保户）可能免除起付线，且中医药服务、恶性肿瘤多次住院等情形可享受起付线减免或报销比例提升。

1. ​​医疗机构级别决定起付线​​：乡镇级医疗机构起付线最低（如宣州区农村乡镇级为150-300元），省级医院最高（如广西规定自治区级机构为800-1000元）。部分省份对省外就医设定更高起付线，如宣州区要求省外医院按住院总费用的25%计算（不低于1000元）。

2. ​​特殊群体优惠政策​​：农村低保户、五保户、重度残疾人等可免除起付线，报销比例提高10%。恶性肿瘤患者年内多次放化疗仅扣一次起付线，中医药服务起付线降低20%-30%。

3. ​​异地就医规则差异​​：未备案异地住院需自付40%后再按参保地标准报销，备案后按参保地起付线执行（如三级医院800元）。急诊或务工人员异地就医可凭证明回参保地报销，起付线参照同级医院（如县级200元）。

4. ​​动态调整与地方差异​​：起付线随筹资水平变化调整，如广西要求同一地级市同级机构起付线差距不超过50元。部分地区对门诊和住院设置不同门槛（如门诊无起付线，住院900元）。

建议参保者就医前咨询当地医保部门，确认起付线和报销比例，尤其注意转诊备案和急诊报销时限（如出院后30日内）。特殊疾病或跨省就医时，保留完整票据以简化报销流程。