根据《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国个人所得税法》相关规定，公司代扣员工个人所得税但未申报属于违法行为，可能面临罚款等后果。以下是具体处理建议：

一、确认公司行为性质

1. 是否构成偷税

   若公司故意不申报、少申报或伪造申报数据，可能构成偷税。但若仅因疏忽未申报，通常按逃税处理。

二、**途径

1. 与用人单位协商

   首先要求公司补缴税款及滞纳金，并提供补申报材料（如工资表、申报表等）。

2. 向税务机关投诉

   可向当地税务局举报公司未申报行为，要求其依法处理并追缴税款及滞纳金。

3. 申请劳动仲裁或诉讼

   若协商无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付工资差额及赔偿。仲裁时效为一年。

三、法律依据

• 《税收征收管理法》 ：扣缴义务人未按期申报或缴纳税款的，除补缴税款外，加收滞纳金（每日万分之五）。

• 《个人所得税法》 ：扣缴义务人未申报的，税务机关可追缴税款、滞纳金，并处罚款（50%-5倍应纳税款）。

四、注意事项

• 时效性 ：补缴税款及赔偿的时效为3年，但追缴滞纳金和罚款的时效为2年。

• 证据留存 ：保留工资条、扣税凭证、补申报材料等，便于后续**。

建议优先通过税务和劳动部门解决，若问题仍未解决，可考虑法律途径。