农村合作医疗住院报销起付线根据医疗机构级别和地区政策有所不同，具体如下：

一、起付线标准

1. 一级医疗机构（乡镇卫生院/区县级专科医院）

   • 起付线：100元（部分地区可能为200元）

   • 资格：一级医疗机构包括镇街道卫生院、区级专科医疗机构。

2. 二级医疗机构（区县级综合医院/市级专科医院）

   • 起付线：500元

   • 资格：二级医疗机构包括区级综合医院、市级专科医疗机构。

3. 三级医疗机构（市级及以上综合/专科医院）

   • 起付线：700元（部分地区可能为1000元）

   • 资格：三级医疗机构包括市级及市级以上综合医院、专科医疗机构。

4. 省级医疗机构

   • 起付线：1000元

   • 资格：省级三级医院。

5. 其他特殊群体

   • 优抚对象、五保户、低保对象：不设起付线。

二、注意事项

• 多次住院 ：分次计算起付线，起付线以下费用个人自付。

• 慢性病门诊 ：不设起付线，报销比例70%。

• 封顶线 ：住院报销总额每年累计最高4万元（部分地区为6万元）。

三、法律依据

报销依据《社会保险法》第二十八条，符合医保目录、诊疗项目及急诊抢救费用的医疗费用可报销。