新农合和职工医疗保险在参保对象、缴费方式、报销比例等多方面存在明显区别。

1. 参保对象：职工医保主要面向单位职工，新农合主要针对当地村民，且新农合参保需农村户口，社保则不限制。
2. 缴费方式：新农合按年缴纳，以家庭为单位；职工医保按月缴纳，由单位代扣。
3. 缴费主体：新农合由个人、集体和政府多方筹资；职工医保由单位和个人共同缴纳，且单位缴费比例较高。
4. 报销比例：职工医保报销比例通常高于新农合，尤其在市级以上医院差距更明显。
5. 报销范围：两者均执行国家医保药品目录，但新农合在乙类药品自付比例和特殊项目报销上可能更高。
6. 保障期限：职工医保男性缴满25年、女性20年可终身享受待遇；新农合需每年续缴，否则无法继续享受保障。
7. 生育待遇：职工医保缴纳满一定年限可领取生育津贴，新农合仅报销住院分娩费用。
8. 门诊报销：职工医保门诊费用可部分报销，新农合多数地区仅限住院报销。
9. 统筹层次：职工医保普遍实现地市级统筹，基金抗风险能力更强；新农合多为县级统筹。
10. 重复参保：两种保险不能同时报销，需选择其一享受待遇。

总结来看，职工医保保障更全面但缴费更高，新农合成本低适合农村居民，建议根据自身情况选择或按规定衔接参保。