股东查账申请被拒绝时，可采取以下措施维护自身权益：

1. 核实拒绝原因：股东应了解公司拒绝查账的具体原因。这有助于确定下一步行动，如公司是否存在合法理由或是否存在违规行为。

2. 寻求法律咨询：股东可咨询专业律师，了解自身在法律上的权利和义务。律师能提供具体指导，帮助股东评估情况并决定采取何种法律行动。

3. 书面请求与沟通：股东可向公司管理层提交正式的书面请求，详细说明查账的目的和依据。通过正式沟通，股东可表达对查账的重视，并争取公司的理解与合作。

4. 行使股东权利：股东可依据公司章程和相关法律法规，行使股东权利，如要求召开股东大会或向董事会提出议案。这些权利可为股东提供平台，以合法途径解决查账问题。

5. 提起诉讼：若股东认为公司拒绝查账构成侵权或违反法律规定，可考虑向法院提起诉讼。诉讼是维护股东权益的最后手段，但需谨慎考虑，因为可能涉及时间和经济成本。

6. 寻求监管机构帮助：股东可向相关监管机构（如证券监管部门或公司注册机构）投诉，寻求帮助和指导。监管机构可能介入调查，确保公司行为符合法律规定。

通过以上措施，股东可在查账申请被拒绝时，积极维护自身权益，确保公司运营的透明度和合规性。股东应根据具体情况，选择最合适的方式来解决问题，并在必要时寻求专业帮助。