股东合作协议与合伙协议的区别主要体现在主体、责任、决策机制、财产归属及适用法律等方面，具体如下：

一、主体与组织形式

• 股东协议 ：适用于公司制企业（如有限责任公司、股份有限公司），主体为股东，通过出资形成公司法人实体。

• 合伙协议 ：适用于合伙企业（普通合伙或有限合伙），主体为合伙人，可包括自然人、法人或其他组织，合伙财产归全体合伙人共有。

二、责任承担

• 股东协议 ：股东以出资额为限对公司债务承担有限责任，个人财产与公司财产分离。

• 合伙协议 ：普通合伙人承担无限连带责任，有限合伙人仅以认缴出资额为限承担责任。

三、出资与财产

• 股东协议 ：股东出资构成公司注册资本，公司拥有独立法人财产权。

• 合伙协议 ：合伙人出资直接形成合伙财产，可按协议约定灵活调整（如部分退出）。

四、决策机制

• 股东协议 ：遵循公司法及公司章程，通常按股权比例表决，决策程序较复杂。

• 合伙协议 ：以协商一致或约定表决方式为主，可灵活采用多数决、一致决等模式。

五、利润分配与亏损分担

• 股东协议 ：按出资比例或公司章程分配利润，亏损分担与出资比例相关。

• 合伙协议 ：分配方式灵活，可约定按出资比例、劳动贡献或其他标准分配。

六、适用法律

• 股东协议 ：受《公司法》及相关法规调整。

• 合伙协议 ：受《合伙企业法》等专门法律规范。

总结 ：两者核心区别在于企业性质（公司制vs合伙制）、责任承担方式及法律适用，需根据合作目的和风险承受能力选择合适形式。