莆田市文化市场综合执法支队支队长为正科级级别。

在行政级别的划分中，莆田市文化市场综合执法支队作为莆田市文化广电新闻出版局下属的执法机构，其支队长的级别通常对应于该局的内设机构负责人级别。根据我国行政管理体制，地级市的内设机构负责人一般为正科级。

1. 行政级别划分：我国行政级别从高到低依次为国家级、省部级、司厅局级、县处级、乡科级。其中，乡科级又分为正科级和副科级。莆田市作为地级市，其文化市场综合执法支队支队长的级别应属于乡科级。

2. 机构性质：莆田市文化市场综合执法支队是行政执法机构，承担着文化市场的监管和执法职责。根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，行政执法机构的负责人应具备相应的行政级别，以确保执法的权威性和有效性。

3. 职务对应：在莆田市文化广电新闻出版局的内设机构中，正科级职务通常包括各处处长、办公室主任等。作为该局下属的执法机构，莆田市文化市场综合执法支队支队长的级别应与这些内设机构负责人相当，因此为正科级。

4. 地区差异：不同地区的行政级别划分可能存在差异，但通常情况下，地级市的内设机构负责人级别为正科级。莆田市作为福建省下辖的地级市，其文化市场综合执法支队支队长的级别也应遵循这一惯例。

莆田市文化市场综合执法支队支队长为正科级级别。这一级别的设定既符合我国行政管理体制的要求，也能够确保执法机构的权威性和有效性。