机构改革合并单位并账需遵循以下步骤，确保账务整合的规范性与准确性：

一、账务清理与基础处理

1. 资产清查

   对原单位固定资产、流动资产等全面盘点，确保账实相符，登记办公设备、车辆等资产信息。

2. 往来账务处理

   • 若存在互有往来，先进行账目对冲；

   • 无往来的，将A单位账目合并至B单位，A单位的应收、应付款直接并入B单位。

二、会计系统与科目调整

1. 建立新系统

   建立统一会计凭证体系，整合原有报表，形成新的核算体系。

2. 科目调整

   根据合并后单位职能调整科目，新增业务需增设对应会计科目，确保核算准确性。

三、财务报表整合

1. 报表合并

   将原单位财务报表整合为新的合并报表，数据需真实反映合并后财务状况。

2. 专项款项处理

   年终结账时，对已完工项目的“拨入专款”“拨出专款”及“专款支出”进行对冲；未完工项目余额结转下年。

四、审计与档案管理

1. 财务审计

   合并后定期开展财务审计，确保账务真实性与合规性。

2. 档案归档

   整理合并过程中的凭证、资料等，便于后续查阅与审计。

法律依据 ：参考《公司法》中关于公司合并的规定，合并需签订协议、编制资产负债表，并及时通知债权人。