分公司增值税是否与总公司合并缴纳，取决于分公司的法律地位和是否经过税务机关批准。通常情况下，分公司若办理了税务登记，则为独立的增值税纳税人，需单独申报缴纳增值税。但如果分公司未经税务登记或被认定为非独立核算机构，可以与总公司合并申报增值税。

以下为详细说明：

1. 独立核算分公司的纳税方式
   如果分公司办理了税务登记，成为独立的增值税纳税人，则需按照所在地税法规定，单独申报并缴纳增值税。这种情况下，分公司与总公司是两个独立的纳税主体。

2. 非独立核算分公司的纳税方式
   如果分公司未经税务登记或被认定为非独立核算机构，可以与总公司合并申报增值税。这种方式通常需要经过税务机关的批准，并符合相关规定。

3. 特殊情况下的汇总纳税
   在某些情况下，如总分机构实行统一核算，并经税务机关批准，可以实行增值税汇总纳税。这种情况下，总机构统一计算增值税，分支机构就地预缴，税款最终由总机构集中清算。

分公司增值税是否与总公司合并缴纳，需根据分公司的法律地位及是否获得税务机关批准而定。企业应结合自身实际情况，合理规划税务申报方式，确保合规操作。