员工迟到罚款并不合法。这是因为用人单位无权对员工进行罚款，迟到行为不属于给企业造成经济损失的情形，因此不能直接扣除工资作为罚款。

员工迟到罚款为何不合法？

1. 缺乏法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》和相关法律法规，用人单位不得随意克扣劳动者工资。罚款本质上属于克扣工资，没有法律依据支持。

2. 迟到行为未造成经济损失：一般迟到几分钟并不会直接导致企业经济损失，因此用人单位不能以罚款形式进行处罚。企业应通过合理的管理措施应对迟到问题。

3. 规章制度需合法合规：用人单位虽可制定规章制度对迟到行为进行管理，但罚款条款需符合法律规定，且不得侵犯劳动者权益。若规章制度中存在违法罚款条款，则相关处罚无效。

替代罚款的合法管理方式

1. 制定合理规章制度：企业可制定迟到扣工资的管理规定，但需确保扣除的工资与劳动者未提供劳动的时间或损失相匹配。例如，迟到可扣除相应时间段的工资。

2. 加强管理与提示：通过明确考勤制度、加强员工管理、提前告知等方式，减少迟到现象。若员工多次迟到，可采取警告、记过等处分措施，而非直接罚款。

3. 以经济损失为依据：若员工迟到确实给企业造成直接经济损失，用人单位可要求赔偿，但需提供充分证据，并依法扣除相应金额。

总结

员工迟到罚款并不合法，企业应通过合法合规的管理方式解决迟到问题，如制定合理的规章制度或采取其他处分措施。若需扣除工资，必须确保扣除金额与劳动者未提供劳动的时间或损失相匹配，避免违法操作。