合并部门可能遇到的挑战包括：
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文化差异 ：合并的企业往往有不同的组织文化和价值观，如果无法有效整合，可能导致员工不适应和流失。
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人员冲突 ：合并可能导致重复岗位和人员裁员，容易引发员工不满和抵触情绪，影响企业整体稳定。
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组织重构 ：合并后需要对组织结构进行重新规划和调整，可能导致工作效率下降和团队协作问题。
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资金压力 ：合并需要支付一定的成本，包括并购费用、员工福利、技术整合等，如果资金管理不善可能导致企业财务困难。
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客户流失 ：合并可能导致部分客户对企业失去信任或不满意，进而选择离开，影响企业市场份额。
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组织架构整合难题 ：不同公司原有的层级结构、部门设置及职责划分存在差异，要将其融合为一个统一且高效的架构，需要细致地规划和协调。
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企业文化融合 ：两家公司在长期的发展过程中形成了各自独特的企业文化，包括价值观、工作作风等方面，需要开展一系列的文化培训和沟通活动，以促进员工之间的相互理解与融合。
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人员管理 ：合并后可能会有部分员工面临岗位调整或裁员，如何妥善处理员工的利益诉求，做好人员的安置工作，保障员工的职业发展，是合并过程中必须要解决的关键问题。
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财务整合 ：合并公司的财务体系需要进行整合和统一，包括财务制度、会计核算等方面，如果整合不当，可能会导致财务数据混乱、财务风险增加等情况。
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战略风险 ：企业合并往往带有一种盲目性，看到哪个行业的利润高，就将资金投入其中，而不考虑企业自身的因素如经营优势及经营目标，容易使企业偏离甚至丧失其核心能力、核心业务，分散企业的资源优势，增加了企业风险。
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信息不对称风险 ：企业在合并的过程中对收购方的了解与目标公司的股东、管理层相比可能存在严重的不对等问题带来的不确定因素。
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政府定位不当 ：企业合并是一种市场行为，但政府起到的作用也不容忽视。政府可以避免企业合并的盲目性，同时防止其垄断。但现有情况下，存在政府的不合理干预过多，包办企业合并并进行干预的现象。
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法律法规不健全 ：政策措施不完善规范高效的企业合并，需要有健全的法律和配套的政策措施作保障。国内的相关法律与政策措施并不十分完善，各地制定的一些相关法规或政策缺乏一定的协调性与操作性。
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中介机构不健全 ：规范有序的企业合并需要有健全的中介机构作支持，但现有情况下，中介机构不健全，影响了企业合并的顺利进行。
建议：
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提前规划 ：企业应提前进行文化、人员、财务等多方面的整合规划，确保合并过程的顺利进行。
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有效沟通 ：加强员工之间的沟通与交流，促进文化融合和相互理解。
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合理安置 ：制定合理的人员安置方案，保障员工的利益和职业发展。
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加强财务管理 ：确保合并后的财务整合工作到位，避免财务风险。
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明确战略目标 ：在进行合并时，应明确企业的战略目标，避免盲目扩张。
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完善法律法规 ：政府应完善相关法律法规，为企业合并提供法律保障。
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利用中介机构 ：充分利用中介机构的专业服务，提高合并效率和质量。