如果你已经与二建证书的原单位解除了劳动关系，但单位不配合办理注销手续，你可以自行申请注销。以下是详细的操作流程和相关注意事项。

注销流程

个人申请注销

1. ​登录注册系统：个人用户可以通过登录注册系统（如广东省的注册系统：https://szjt05.gdcic.net/）进行操作。登录后，点击“个人用户注册入口”进行登录，然后选择“个人申请强制注销”选项。
2. ​填写申请表：在弹出的窗口中，输入执业师的身份证和号码登录注册系统。首次登录需要建立帐号，设置密码并再次确认。
3. ​上传资料：在申请表中按要求填写信息，确认无误后点击“保存”按钮。之后，系统会提示需要上传的附件资料，如身份证复印件、解聘证明、劳动仲裁书或法院判决书等。
4. ​上报申请：按要求上传资料后，点击“上报”功能按钮完成个人强制注销业务申请，然后耐心等待办理结果。

企业用户注销

企业用户可以通过登录注册系统进行注销操作。登录后，点击“企业用户注册入口”进行登录，然后选择“企业强制注销申请”选项。之后，按照系统提示填写申请表并上传相关资料，完成注销申请。

法律依据

相关法规

• ​​《注册建造师执业管理办法》​：根据该办法第十九条规定，注册建造师要求注销注册时，应提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。如果原聘用单位不配合出具解聘或离职证明，建议向劳动仲裁部门或法院申诉解除劳动关系以维护自身权益。
• ​​《劳动合同法实施条例》​：用人单位出具的解除或终止劳动合同的证明应当写明劳动合同期限、解除或终止劳动合同的日期、工作岗位、在本单位的工作年限等信息。

注意事项

所需材料

• ​个人材料：包括身份证原件、解聘证明、劳动仲裁书或法院判决书、与原单位解除劳动关系的有效证明材料等。
• ​企业材料：如果企业用户进行注销，需提供企业相关证明文件和注销申请。

时间和地点

• ​注销时间：注销时间因地区和具体情况而异，一般在40天左右。提交注销需要的资料后，顺利的话当天就会在管理系统内将相关信息删除，慢一点的话，几天内一定会删除。
• ​注销地点：个人需向省级建设行业行政主管部门窗口办理，如福建省的地址是福州市仓山区金山街道亭洲路6号省住建厅直属单位金山办公区综合楼二层221。

如果你已经与二建证书的原单位解除了劳动关系，但单位不配合办理注销手续，你可以通过个人申请注销或企业用户注销的方式进行操作。务必准备好相关证明材料，并按照规定的流程进行申请。如有法律问题，建议咨询专业律师或劳动仲裁部门。