工龄39年和40年的公务员在退休时的 主要区别在于退休金数额的不同 。具体来说，工龄越长，退休金的数额通常也会越高。这是因为基本养老金的确定涉及多个因素，包括个人累计缴费年限、缴费工资、当地职工平均工资、个人账户金额以及城镇人口平均预期寿命等。因此，工龄40年的公务员在退休时，相比工龄39年的公务员，会领取到更高的退休金。

此外，虽然《社会保险法》第十六条规定，参加基本养老保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费满十五年的，按月领取基本养老金，但工龄的增加可能会使得计发比例有所提高，从而导致退休金数额的增加。例如，有的地方39年工龄养老金计发比例可能是90%，而40年工龄计发比例可能达到92%左右。

同时，个人账户养老金部分也会因为多一年工龄而有所增加，尽管这个差距大小还和个人缴费基数等因素有关。过渡性养老金对于改革前参加工作、改革后退休的人员，其数额也与工龄有关。

综上所述，工龄39年和40年的公务员在退休时，主要的区别在于退休金数额的不同，具体数额的差异会受到多种因素的影响，包括个人的缴费基数、当地职工平均工资、个人账户金额以及当地的养老金计发政策等。