‌质保金可以在工程款中扣除，但需符合合同约定及法律规定，且通常不超过工程结算价的3%-5%。‌

1. ‌合同约定优先‌
   质保金是否扣除、扣除比例及返还条件，主要由双方签订的工程合同决定。若合同中明确约定质保金从工程款中扣除，则发包方有权按约定执行。

2. ‌法定比例限制‌
   根据行业惯例及相关法规，质保金比例一般不超过工程结算价的5%，部分领域（如政府项目）可能要求更低（如3%）。超额扣除可能被认定为不合理克扣。

3. ‌扣除条件明确‌
   质保金通常用于保障工程缺陷责任期内的维修责任，若工程验收合格且无质量问题，发包方应在约定期限内全额返还；若存在质量问题，可扣除相应维修费用。

4. ‌程序合规性‌
   扣除质保金需书面通知承包方，并提供维修费用凭证或第三方鉴定报告。单方随意扣款可能引发纠纷，甚至被认定为拖欠工程款。

‌总结‌：质保金扣除合法但有严格限制，建议双方在合同中细化条款，并保留质量验收及沟通记录，避免争议。