小规模纳税人税率从3%减按1%的会计分录处理需根据销售额是否超过免税标准分两种情况，具体如下：

一、季度销售额≤30万元（月度≤10万元）：免税处理

1. 收到款项时

   借：银行存款/现金

   贷：主营业务收入

   贷：应交税费-应交增值税（按3%计算）

   无需做账处理减免部分，直接计入营业外收入。

2. 申报时填写减免税额

   在增值税申报表中，通过减免税申报明细表填写2%的减免税额，系统会自动计算并减免税款。

二、季度销售额>30万元（月度>10万元）：减按1%征收

1. 收到款项时

   借：银行存款/现金

   贷：主营业务收入

   贷：应交税费-应交增值税（按1%计算）

   无需做账处理减免部分，直接按1%税率申报。

2. 申报时填写减免税额

   同样在增值税申报表中，通过减免税申报明细表填写2%的减免税额，系统自动计算减免税款。

三、通用注意事项

• 无需单独做账的减免部分 ：无论哪种情况，减征的2%税款均无需在账务中单独处理，仅需在申报时通过系统填写减免信息。

• 税率选择 ：实际开票时仍按原税率（3%或1.5%）开具发票，系统会自动计算应纳税额。

以上处理方式均基于最新政策规定，具体操作以税务机关要求为准。