小区违法搭建的投诉部门及处理流程如下：

一、主要投诉部门

1. 城市管理部门（城管局）

   负责现场查处和处罚，是处理违章建筑的核心部门。可通过拨打12345市民服务热线或12319城管执法热线投诉。

2. 城乡规划部门（住建局/自然资源局）

   负责确认建筑是否取得规划许可证，处理涉及规划违规的问题。部分地区已将执法权划转至城管部门，但规划部门仍需参与核查。

3. 物业及业主委员会

   物业有制止和报告职责，业主委员会可协调解决。若物业不作为，可联合业主共同投诉。

二、处理流程建议

1. 初步举报

   向物业或业委会反映问题，要求其制止并报告。

2. 正式投诉

   • 电话投诉 ：拨打12345或12319，由城管部门统一调度。

   • 书面举报 ：向住建局/自然资源局提交证据材料。

   • 联合执法 ：建议联合城管、住建等部门开展联合查处，提高效率。

三、法律依据

《城乡规划法》规定，未取得规划许可证的建设行为，由城管部门责令停止建设、限期拆除，并可并处罚款。