当两个月工资一起发放时，个税的计算并不会因此而增加负担，因为根据现行个人所得税法规定，工资可以按月或者按年综合所得来扣税，合并发放不影响个税合法性，并且在年度汇算清缴时会进行调整以确保公平公正。

一、个税按月或按年综合所得计算

1. 个人所得税法允许工资收入按照每月单独计算或是全年综合所得来确定应纳税额，这意味着即使两个月的工资在同一个月发放，也不影响最终的税务处理结果。
2. 在实际操作中，如果两个月的工资合并到一个月发放，那么该月的应纳税所得额将会是这两个月工资总额减去相应的扣除项后的余额。

二、具体操作流程及注意事项

1. 首先确认是否属于补发工资的情形，如果是，则可能需要向税务机关提供相关证明材料，并申请将这部分工资分摊到所属月份分别计税。
2. 若非补发工资情况，直接按照累计预扣法计算当月应纳税额，即把两个月工资合并作为当月收入来计算应纳税所得额，然后应用适用税率表计算税款。
3. 注意各项扣除项目如五险一金、专项附加扣除等均需准确填报，以减少不必要的税收负担。
4. 对于员工来说，了解自己的工资结构以及如何正确填写相关信息对于降低个税负担至关重要。

三、特殊情况下的处理方式

1. 如果是由两个不同的雇主支付工资，则需要分别由各雇主按月预扣预缴税款，年终再由纳税人自行申报并汇算清缴。
2. 在某些情况下，比如由于公司资金紧张导致连续几个月工资延迟发放，这种情形下也可以通过合法途径向税务机关说明情况，争取合理的税务处理方式。

四、年度汇算清缴的重要性

1. 年度汇算清缴为纳税人提供了一个机会，可以在一年结束后重新审视全年的收入与支出，确保所缴纳的税款准确无误。
2. 对于因工资集中发放而导致的高额税款，在年度汇算清缴期间可以通过多退少补的方式得到调整，从而避免了重复征税的情况发生。

虽然两个月工资同时发放可能会导致当月个税暂时增加，但通过正确的税务规划和年度汇算清缴机制，可以有效保障纳税人的合法权益不受损害。遇到此类情况时不必过于担心，只需遵循相关规定做好相应准备工作即可。