公司取消员工公积金是不合法的行为，根据《住房公积金管理条例》规定，单位必须按时、足额为职工缴纳住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。这一条例明确了企业为员工缴纳公积金是一项强制性的义务，并非可选福利。

法律明确规定了用人单位的责任和义务。依据《住房公积金管理条例》，所有设立的单位都应当在规定的期限内完成住房公积金的缴存登记，并且确保每位在职员工拥有相应的公积金账户。如果企业违反此规定，不仅会受到相关部门的处罚，还可能面临法院的强制执行。

即使遇到经营困难也不能随意停缴。虽然企业在遭遇严重的经济困境时可以申请缓缴或降低缴存比例，但这需要经过严格的审批流程，并不能单方面决定停止缴纳。对于已经离职或退休的员工来说，他们仍然有权要求前雇主补缴在职期间未足额缴纳的公积金部分。

员工有权利监督并督促单位履行相关义务。一旦发现所在单位没有按照规定为自己缴纳住房公积金，劳动者可以通过向当地住房公积金管理中心投诉举报的方式维护自身权益。值得注意的是，与劳动争议不同，此类问题通常不会通过劳动仲裁解决，而是直接由公积金管理部门处理。

违规行为将导致严重的后果。除了上述提到的行政处罚外，如罚款甚至被申请法院强制执行之外，企业还可能因为这种违法行为而损害其社会形象，影响长远发展。这也可能导致员工的工作积极性受挫，进而影响企业的整体运营效率。

公司擅自取消员工公积金的做法既不符合法律法规的要求，也无法避免由此带来的负面效应。作为负责任的企业，应严格遵守相关规定，保障员工应有的权益。而对于广大职工而言，则需要增强自我保护意识，积极行使自己的合法权益。