公司未为员工申报个人所得税会被税务机关查到，并面临严重后果。具体分析如下：

一、税务机关能否查到

1. 代扣代缴义务

   公司作为法定扣缴义务人，需依法代扣代缴员工工资薪金、劳务费等所得的个人所得税。若未申报，税务机关可通过工资流水、银行对账单等数据核查。

2. 员工申报记录

   员工可通过“个人所得税”APP自行申报并截图留存，作为企业未申报的间接证据。

二、企业面临的后果

1. 经济处罚

   根据《税收征收管理法》第六十九条，企业未按规定申报个税，可能被处以应扣未扣税款50%-300%的罚款。例如，未申报10万元个税，罚款可达5万至30万元。

2. 信用影响

   企业会被列入税务不良记录，影响其纳税信用评级，可能导致后续申报受阻或融资受限。

三、员工权益保护

若企业未申报导致员工少缴税款，员工可通过以下途径**：

• 补缴税款 ：要求企业补缴欠税及滞纳金；

• 索赔赔偿 ：根据《税收征收管理法》第二十五条，企业可能需承担相应的民事赔偿责任。

四、建议

企业应建立完善的个税申报机制，确保按时足额代扣代缴。若发现未申报情况，应立即与税务机关沟通并整改，避免承担更严重的法律后果。