公司未扣员工个人所得税的处理方式需根据实际情况选择，主要分为以下四类：

一、公司责任与处理方式

1. 补缴义务

   公司作为扣缴义务人，未按规定代扣代缴的，需在税务机关责令限期缴纳后补缴税款及滞纳金，罚款金额按未缴税款1%至5%计算。

2. 协商解决

   可先与公司协商，要求其履行代扣义务。若协商无果，可通过书面形式明确税额及支付方式。

二、员工权益保障

1. 自行申报

   若公司拒绝代扣，员工可自行向税务机关申报并缴纳个税，但需承担额外费用。

2. 投诉举报

   向税务局投诉或举报公司逃税行为，要求其承担补税、罚款等责任。税务机关可依法追责，严重者追究刑事责任。

三、法律依据

依据《个人所得税代扣代缴暂行办法》第十一条，扣缴义务人未扣税款的，需按应纳税额缴纳滞纳金或罚款。

四、注意事项

• 时效性 ：补缴税款需在税务机关规定的期限内完成，逾期将面临更严厉处罚。

• 证据留存 ：保存工资单、扣税记录等凭证，便于后续**或核查。