​​发包人对工程质量有异议时，竣工结算的处理需分情况讨论：若工程已验收或实际投入使用，按保修合同执行；若未验收且未使用，则暂缓争议部分结算并委托检测，其余按合同办理。​​关键点在于​​异议需书面提出​​、​​检测结果决定解决方案​​，且​​无争议部分应正常结算​​，避免整体拖延。

1. ​​异议提出与处理流程​​
   发包人需在约定期限内书面提出质量异议，并提供具体依据。对于已投入使用或验收的工程，争议直接转入保修程序；未投入使用的工程，双方应共同委托第三方检测机构，根据报告协商整改或赔偿方案。若协商失败，可申请行政调解或司法介入。

2. ​​暂缓结算与优先支付​​
   仅对有争议部分暂缓结算，其余工程款需按合同支付。例如，若主体结构存在争议，但装修工程无异议，则装修款项应正常结算。发包人不得以局部质量问题为由拒付全部工程款，否则可能承担违约责任。

3. ​​检测与责任认定​​
   检测费用通常由责任方承担，若双方均有过错则按比例分摊。检测结果明确后，争议部分按整改成本扣减结算款或延长质保期。若发包人无故拖延检测，承包人可主张继续结算。

4. ​​法律救济途径​​
   协商无果时，双方可按合同约定申请仲裁或诉讼。需注意，诉讼期间不影响无争议款项的支付，且承包人有权主张逾期付款利息。

​​提示：​​ 发包人应留存质量问题的影像、验收记录等证据，承包人则需确保施工资料完整。双方尽早明确争议范围，避免因局部问题影响整体项目资金链。