根据《劳动合同法》和《工资支付暂行规定》，迟到扣工资并不符合法律规定。但用人单位可以通过规章制度对迟到行为进行管理，前提是制度需合理且经劳动者同意，且扣除金额不能超过劳动者因迟到未提供劳动时间对应的工资部分。

1. 迟到扣工资的合法性分析

• 用人单位不能直接以迟到为由扣除工资，但可以通过规章制度设定迟到处罚措施。例如，规定迟到超过一定次数或时间，可扣除相应未提供劳动时间的工资。
• 如果用人单位的规章制度不合理或未履行告知义务，则扣工资行为无效。例如，未明确迟到扣款标准或未提前告知劳动者，均属于违法行为。

2. 合理的迟到扣款标准

• 扣款金额应与劳动者未提供劳动的时间相对应，不能超过劳动者实际损失。
• 用人单位需确保扣款标准公平合理，避免过高罚款或变相克扣工资。例如，迟到一次扣除当天工资的30%显然不合理。

3. 实际案例分析

• 某公司因员工迟到多次扣除20余万元工资，法院认为扣除金额过高，要求以劳动者应得报酬为标准扣发缺勤期间工资。
• 另一案例中，公司未明确告知考勤制度，却以员工迟到为由解除劳动合同，被法院认定为违法解除，需支付赔偿金。

总结与提示

用人单位可以通过规章制度管理员工迟到行为，但扣款需合理且公平，避免侵犯劳动者权益。员工如遇不合理扣款，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。