如果申请执行的期限已经过了两年，您仍然可以尝试向法院提交申请，但需注意可能面临的时效抗辩风险。以下是一些建议：
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时效中断 ：如果您在时效期间内曾经向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、提起诉讼或者申请仲裁等，可能导致申请执行时效中断，时效期间从中断、有关程序终结时起重新计算。
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时效中止 ：在申请执行时效期间的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，申请执行时效中止。从中止时效的原因消除之日起，申请执行时效期间继续计算。需要提供相关证据材料来证明存在这些导致无法行使请求权的情形。
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重新达成还款协议或另诉 ：您可以尝试与被执行人重新达成还款协议，或者另诉以重新启动执行程序。
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法院审查 ：即使超过两年申请执行时效，法院仍可能立案受理。但如果被执行人提出异议，法院会对该异议进行审查。如果经审查确实超过申请执行时效且不存在中止、中断情形，法院会裁定不予执行。
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提供新证据 ：如果被执行人拥有新的财产线索，您可以向法院提交新的申请，并提供相关证据，以确保您的权益得到维护。
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法院执行通知 ：法院在接到申请执行书或移交执行书后，会向被执行人发出执行通知，责令其在指定的期间履行。逾期不履行的，法院会采取强制措施，如查询、冻结、划拨被申请执行人的存款。
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执行回转 ：如果被执行人在履行全部或者部分义务后，又以不知道申请执行时效期间届满为由请求执行回转，法院不予支持。
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刑事附带民事判决 ：刑事附带民事判决、裁定、调解书不受两年申请执行时效限制。
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申请执行终结后再次申请 ：申请执行终结后，如果发现被执行人有可供执行财产，可以再次申请执行，且不受申请执行时效期间的限制。
综上所述，尽管超过两年申请执行时效会增加一定的风险，但您仍有机会通过上述方法尝试恢复执行程序。建议您咨询专业律师，根据具体情况制定合适的策略。