公司开具3%增值税专用发票的成本计算需考虑增值税及附加税费。以下是具体分析：

一、成本构成

1. 增值税

   小规模纳税人开具3%专票的增值税应纳税额为不含税销售额的3%。

2. 附加税费

   包括城建税（7%）、教育费附加（3%）、地方教育费附加（2%），合计附加税率为12%。

3. 其他费用

   部分情况下可能涉及印花税（按行业不同）、水利基金（按地区不同）及企业所得税预交（0.2%）。

二、成本计算示例

以开票金额10万元为例：

• 不含税金额 ：100,000 / 1.03 ≈ 97,087.38元

• 增值税 ：97,087.38 × 3% ≈ 2,912.62元

• 附加税费 ：2,912.62 × 12% ≈ 349.51元

• 总成本 ：97,087.38 + 2,912.62 + 349.51 ≈ 100,349.51元

三、注意事项

• 小规模纳税人限制 ：根据现行税法，小规模纳税人通常适用3%征收率，但需注意部分行业或地区可能有特殊规定。

• 成本控制建议 ：通过取得合规成本费用发票、合理发放工资等方式降低应纳税所得额，从而减少税负。

四、权威信息补充

高权威性来源明确指出，小规模纳税人开具3%专票的应纳税额计算方式为：
$$ \text{应纳税额} = \text{不含税销售额} \times 3% $$

（不含附加税费）。