延期毕业后三方协议的处理需结合协议条款和实际情况，具体如下：

1. 协议有效性判断

   • 若三方协议明确以“按时毕业”为生效条件，延期毕业通常导致协议自动失效。 - 若协议未明确约定毕业日期相关条款，则仅凭延期毕业不足以使协议失效，需结合其他内容综合判断。

2. 违约责任与违约金

   • 有违约金条款 ：若协议约定违约金（通常不超过5000元），且延期毕业构成违约，需按约定支付。 - 无违约金条款 ：根据《劳动法》规定，除保密或竞业限制外，用人单位不得强制约定违约金。若协议无相关条款，通常无需承担违约金。

3. 处理建议

   • 协商解约 ：与用人单位、学校沟通，说明延期原因，争取调整协议或解除协议，避免纠纷。 - 保留证据 ：留存协议副本、沟通记录等，作为后续协商或法律诉讼的依据。

4. 注意事项

   • 若协议中有关于“非正常毕业”（如挂科）的特殊约定，需以学校政策为准。 - 建议优先通过学校就业指导部门或法律专业人士获取个性化建议。

延期毕业后三方协议是否违约及责任承担，需以协议具体条款和实际情况为准，建议及时与相关方协商处理。