补发工资的个人所得税计算需根据发放时间、是否跨年及是否属于补发工资性质综合确定，具体规则如下：

一、计算原则

1. 按实际发放时间纳税

   补发工资的纳税义务发生于实际发放日，而非追溯至原应发月份。

2. 合并当月工资计税

   补发工资需与当月工资合并，采用累计预扣法计算个税，次月申报并补缴差额。

二、具体计算方法

1. 跨年补发工资

   • 不跨年处理 ：补发工资不跨年度时，通常不影响当年累计预扣结果，次月申报即可。

   • 跨年处理 ：若补发工资跨年且金额较大，可能需分摊至各月计算，避免一次性产生过多税款。

2. 分摊计算（跨年或特殊说明）

   若需分摊补发工资至原属月份，计算公式为： $$ \text{应纳税额} = \left[ \left( \text{补发工资} + \text{原属月份工资薪金所得} \right) - \text{费用减除额（5000元）} \right] \times \text{适用税率} - \text{速算扣除数} - \text{原属月份已缴税款} $$

   需向税务机关提交书面说明。

三、申报与补缴流程

1. 申报时间

   次月十五日内完成申报，通过累计预扣法计算应纳税额并补缴差额。

2. 特殊情况处理

   若补发工资属于非工资性质（如奖金、津贴等），则合并当月工资薪金申报。

四、法律依据

依据《个人所得税法》第九条，工资薪金所得以实际取得时为纳税义务发生时间，扣缴义务人按次或按月预扣申报。

总结 ：补发工资通常按实际发放月合并申报，跨年处理需注意分摊规则。建议提前与税务机关沟通说明情况，确保申报准确。