新员工入职专项扣除的填报方式可分为以下两种，具体操作需根据企业选择和员工实际情况确定：

一、通过扣缴义务人申报（推荐）

1. 单位操作

   企业需在自然人电子税务局客户端完成专项附加扣除信息采集，填写员工工资、社保、公积金等基础信息。若员工无工资收入，则需进行零申报。

2. 员工操作

   • 登录个人所得税APP，进入【专项附加扣除填报】界面，选择「通过扣缴义务人申报」，系统将自动带入已填报的信息。

   • 若需修改申报信息，可在APP内选择对应年份进行修改，或通过纸质《扣除信息表》与单位协商后重新提交。

二、年度汇算清缴自行申报

适用于未通过扣缴端申报或需调整申报信息的情况：

1. 操作流程

   • 在个人所得税APP中选择【综合所得年度自行申报】，填写专项附加扣除信息（如子女教育、住房**利息等）。

   • 系统支持修改已填报信息，需在汇算清缴前完成调整。

注意事项

• 时效性 ：专项附加扣除信息需在每年汇算清缴前完成申报，逾期无法享受抵扣。

• 信息准确性 ：确保填写的手机号、身份证号等基础信息与单位备案一致，避免因信息错误导致扣款异常。

建议优先选择通过扣缴义务人申报方式，操作便捷且能实现每月自动抵扣。若单位未及时处理，可向税务机关或单位财务部门反馈。