​​事业单位迟到扣钱是否违法，取决于单位规章制度是否合法合规。若制度经民主程序制定、内容合理且公示告知员工，扣款属于合法管理行为；若随意克扣工资或程序违规，则涉嫌违法。关键点在于：①制度合法性 ②扣款标准合理性 ③程序正当性​​

事业单位作为公共机构，其管理需遵循《劳动法》《事业单位人事管理条例》等规定。单位有权通过内部制度规范考勤，但必须满足以下条件：规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论通过，不能由领导单方面决定；扣款金额应与迟到造成的实际影响相匹配，例如规定“迟到1小时扣半天工资”可能超出合理范围；制度必须向员工公示，入职时签字确认或内部公开张贴均属有效方式。

若单位未履行民主程序、扣款比例过高（如一次迟到扣全月工资），或未提前告知制度，员工可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。但需注意，事业单位在编人员与合同制员工适用规则略有差异，前者更多参照事业单位专门规定。

事业单位扣迟到款并非绝对违法，但必须程序规范、标准合理。员工应留存制度文本及工资条作为证据，遇明显不公时可依法**。