​​分公司不独立核算时，需由总公司汇总纳税，所有收入、成本及税务申报均由总公司统一处理，​​分公司仅需完成税务登记并配合提供本地经营数据。这种模式下，分公司无需单独计算应纳税额，但需注意跨地区经营时的税款分配问题。

分公司在税务登记时需明确选择“非独立核算”性质，并向税务机关备案。总公司在申报增值税、企业所得税时，需合并分公司的财务数据，并按照税法规定进行跨地区税款分配。例如，企业所得税需按《跨地区经营汇总纳税管理办法》在总分公司之间分摊。分公司若涉及异地经营，还需在所在地预缴部分增值税（通常为销售额的2%-3%），剩余税款由总公司统一缴纳。

分公司虽不独立核算，仍需保留完整的业务凭证和账目，以备税务机关核查。总公司需确保合并报表的准确性，避免因数据遗漏导致税务风险。若分公司在当地享受税收优惠，需单独备案并留存相关证明文件。实际操作中，建议总公司与分公司定期对账，确保税务申报与财务数据的一致性。

非独立核算的分公司税务流程简化，但总公司的合规责任更重。务必确保汇总数据的完整性和跨地区税款分配的准确性，避免滞纳金或处罚。若业务复杂或涉及多地经营，可考虑通过专业税务工具或第三方服务优化申报流程。