​​公司申报的个人纳税金额不同，主要受收入结构、专项扣除、税收优惠政策及申报方式四大因素影响。​​ 不同员工的薪资构成（如基本工资、奖金、补贴）、社保公积金缴纳基数、专项附加扣除（子女教育、房贷等）以及地方性税收减免政策，都会导致最终应纳税额差异。企业代扣代缴的准确性或员工自行申报的调整也会影响结果。

收入结构直接影响税基。基本工资、绩效奖金、年终奖等不同组成部分的计税规则不同，例如年终奖可单独适用优惠税率。专项扣除是重要变量，社保、公积金等“三险一金”属于免税项目，缴纳比例越高，应纳税所得额越低。专项附加扣除进一步降低税负，如赡养老人、继续教育等支出，每人申报额度不同会导致税额差异。税收优惠政策也会带来区别，例如高新技术企业员工可能享受股权激励递延纳税，或部分地区有人才补贴免税政策。

企业代扣代缴时，若未及时更新员工提交的专项附加扣除信息，可能导致预缴税额偏高；而员工年度汇算时补充申报则会退回多缴税款。劳务报酬与工资薪金的计税方式不同，自由职业者通过公司申报时税负可能更高。部分企业还会通过合规税务筹划（如合理分配福利形式）优化员工个税。

理解纳税差异的关键在于明确“应纳税所得额”的个性化计算逻辑。建议员工定期核对个税APP申报记录，确保扣除项目填报完整，同时关注地方性政策红利。企业则需规范薪酬发放流程，及时同步税务新政，避免因申报误差引发纠纷。