运输服务合同纠纷的管辖法院确定需结合合同约定和法律规定，具体如下：

一、法定管辖原则

1. 运输始发地、目的地或被告住所地

   根据《民事诉讼法》第二十七条/第二十八条，因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或被告住所地人民法院管辖。当事人可任选其一起诉，且该法院不得推诿受理。

二、合同约定的优先性

2. 合同约定管辖

   若运输合同中明确约定了管辖法院（如仅以目的地为管辖地），则优先适用合同约定。但需注意，此类约定不得违反《民事诉讼法》关于专属管辖的规定（如海上运输纠纷由海事法院专属管辖）。

三、特殊情形补充说明

3. 其他争议解决方式

   运输合同中可约定仲裁等替代性争议解决方式，但诉讼管辖仍以上述法律条款为准。

四、管辖争议处理

若存在多个有管辖权的法院，当事人只能选择其中一个起诉，由最先立案的法院审理。

法律依据 ：

《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条、第二十七条、第二十八条。