​​运输合同纠纷的管辖权依法由运输始发地、目的地或被告住所地法院管辖，且当事人可书面协议选择管辖法院，但不得违反级别管辖和专属管辖规定​​。这一规定兼顾了诉讼便利性与意思自治原则，尤其适用于铁路、公路、水路、航空等复杂运输场景。

1. ​​法定管辖原则​​
   根据《民事诉讼法》，运输合同纠纷的管辖法院包括运输始发地、目的地及被告住所地法院。例如，若货物从上海运往北京，上海（始发地）、北京（目的地）或物流公司注册地（被告住所地）法院均有权受理。这一设计避免了单一管辖可能导致的诉讼不便，尤其适合跨区域运输纠纷。

2. ​​协议管辖的灵活性​​
   当事人可在合同中书面约定管辖法院，可选择与争议相关的实际联系地点（如合同签订地、标的物所在地等）。但需注意两点：一是不得违反专属管辖（如港口作业纠纷专属港口法院）；二是约定需明确具体，模糊条款可能导致管辖权争议。

3. ​​特殊运输场景的管辖规则​​

   • ​​多式联运​​：若涉及铁路、海运等多段运输，通常按主要运输方式确定管辖。例如，铁路段为主的纠纷可由铁路法院管辖。
   • ​​指定管辖​​：部分省份（如陕西、四川）指定铁路法院集中审理公路运输纠纷，此类情况下即使有协议约定，也可能被移送至指定法院。

4. ​​管辖权冲突的解决​​
   若多个法院均有管辖权（如始发地与被告住所地不同），原告可任选其一起诉；若重复起诉，则由最先立案的法院管辖。法院受理后发现无管辖权的，应移送至有权法院。

​​提示​​：签订运输合建议明确约定管辖法院以减少争议；纠纷发生后，可优先选择证据集中或执行便利的法院提起诉讼。