事业编制5万违约金是否合法，需要根据具体情况和相关规定来判断。

1. 合同规定

要看您与单位签订的合同中是否有关于违约金的明确规定。如果合同中明确约定了违约金的数额和支付条件，那么在您违反合同约定的情况下，单位有权要求您支付违约金。

2. 法律规定

根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定违约金，但仅限于两种情况：

• 服务期违约金：用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。
• 竞业限制违约金：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

3. 合理性判断

即使合同中约定了违约金，也需要判断其数额是否合理。根据相关法律规定，违约金的数额应当与实际损失相当。如果单位要求的违约金明显高于实际损失，您可以与单位协商调整，或者通过法律途径维护自己的权益。

4. 地方政策

不同地区可能有不同的地方政策和规定，也可能对事业编制违约金有具体的规定。了解您所在地区的相关政策也是判断违约金合法性的重要依据。

总结

事业编制5万违约金是否合法，需要综合考虑合同规定、法律规定、合理性判断以及地方政策等因素。如果您对违约金的合法性有疑问，建议您咨询专业的法律人士，以获取准确的法律意见。