根据权威信息，考研后签订三方协议通常无需支付违约金，但需注意协议条款的明确性和沟通方式。以下是具体分析：

一、三方协议自动作废

1. 协议失效条件

   考研成功后，三方协议因目标变更自动失效，用人单位不得以考研为由要求支付违约金。

2. 法律依据

   《民法典》规定，若协议明确约定“考上研可解除协议”，则按约定执行；若无明确约定，双方可协商处理。

二、特殊情况处理

1. 协议中存在特殊条款

   若协议明确约定“仅限考取指定院校”，则可能构成违约，需按约定支付违约金。

2. 协商解除协议

   建议提前与用人单位沟通，说明考研情况并争取理解。若需解约，需办理书面解约函（加盖公章）。

三、其他免责情形

1. 国考、选调、支教等特殊就业

   若选择公务员考试、选调生或支教，根据国家政策，无需支付违约金。

四、注意事项

1. 保留沟通记录

   与用人单位的协商过程需书面化，避免后续纠纷。

2. 关注档案管理

   档案由个人办理，用人单位无权抽取，无需担心档案问题。

总结 ：考研后三方协议通常无需违约金，但需仔细阅读协议条款，主动与用人单位沟通，并妥善处理解约流程。若协议存在模糊条款，建议通过法律途径协商解决。