根据《民法典》和《劳动合同法》相关规定，签订三方协议后升学是否需要赔付违约金，需分情况讨论：

一、一般情况无需赔付违约金

1. 三方协议性质

   三方协议是学校、学生与用人单位为就业安排的协议，主要作用是档案派遣和就业统计，不具备劳动合同的法律效力。

2. 升学属于法定免责事由

   升学属于个人发展需求，法律未将其列为违约免责事由。若协议中未明确约定违约金，毕业生可主张不承担违约责任。

二、需赔付违约金的特殊情况

1. 协议中明确约定违约金

   若三方协议中明确列出生升学需支付违约金，且符合《劳动合同法》第二十二条关于服务期或竞业限制的约定，则需按约定执行。

2. 涉及专项培训或服务期

   若用人单位为毕业生提供专项培训并约定服务期，违反服务期约定需支付违约金，但仅限服务期内未履行部分。

三、处理建议

• 协商改派 ：若已升学，建议与学校协商办理报到证改派，避免档案无法转移。

• 提前终止协议 ：升学前可向用人单位提交书面申请，说明情况并争取终止协议，减少潜在纠纷。

法律依据

• 《民法典》第五百七十七条：当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定，需承担违约责任。

• 《劳动合同法》第二十二条：仅限专项培训、服务期或竞业限制情形下约定违约金。