审计署和北京市审计局各有优势，选择取决于需求：审计署作为国家级机构主管全国审计工作，权威性和覆盖范围更广；北京市审计局则更熟悉地方财政细节，针对性更强。

1. 职能范围对比
   审计署负责全国性财政收支、中央部门及省级政府的审计监督，涉及宏观经济政策落实和国际项目；北京市审计局聚焦本市预算执行、财政转移支付等区域性事务，对本地经济数据更敏感。

2. 适用场景差异
   若需跨区域审计或涉及中央财政项目，审计署的专业性和资源更具优势；若针对北京市属单位或地方性资金使用问题，北京市审计局的执行效率和本地化经验更突出。

3. 协同与互补性
   两者并非竞争关系，审计署对地方审计机关有业务领导职责，重大事项常联合行动。例如，中央转移支付资金可能由审计署统筹，北京市审计局配合核查细节。

总结来看，审计署适合宏观监督需求，北京市审计局则长于微观执行，实际工作中常需协作。根据具体审计目标选择即可。