公司出资考证后辞职的费用问题需根据服务期协议、费用性质及法律规定综合处理，具体如下：

一、费用处理原则

1. 服务期协议优先

   若劳动合同中明确约定了服务期（如专项培训费用），且服务期未到期，离职需按协议支付违约金或赔偿培训费用。违约金金额不得超过未履行服务期应分摊的培训费用。

2. 费用归属与扣留限制

   • 考证费用属于个人技能提升支出，证件归个人所有，公司无权扣留。

   • 若无服务期协议，公司无权要求员工赔偿培训费，但可要求返还已发生的合理费用。

二、具体处理方式

1. 服务期内离职

   • 需支付违约金：按未履行服务期比例分摊培训费用。例如，培训费4000元分摊至2年，工作6个月后需支付剩余1.5年对应的3000元。

   • 证书可带走，公司不得以任何形式扣留。

2. 服务期外离职

   • 无需赔偿培训费，但公司可要求返还已发生的合理费用（如实际支出）。

三、争议解决途径

• 优先通过协商、调解解决；

• 协商不成的，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，仲裁不服可提起诉讼。

四、注意事项

• 公司主张费用需提供合法凭证（如发票、支付记录）；

• 违约金计算不得超过实际培训成本。

总结 ：离职费用处理以服务期协议为核心，无协议或协议已过期的情况下，公司无权强制扣款或索赔。建议离职前与用人单位协商，明确费用结算方式，必要时寻求法律途径维护权益。