公司扣押您的特种作业证是不合法的。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条明确规定，用人单位不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，包括特种作业证。特种作业证是劳动者个人的职业资格证明，属于个人财产，用人单位无权擅自扣押。

如何应对公司扣押特种作业证？

1. 与公司沟通
   首先与公司进行沟通，说明扣押证件的行为违反了法律规定，并要求公司归还证件。在沟通过程中，尽量保持冷静，明确表达自己的立场。

2. 收集证据
   如果公司拒绝归还证件，您需要收集相关证据，例如劳动合同、扣押证件的证明材料（如照片、视频或录音）等。这些证据在后续**过程中非常重要。

3. 申请劳动仲裁
   如果沟通无果，您可以向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，要求公司归还证件并赔偿因扣押证件造成的损失。

4. 寻求法律援助
   如果您不熟悉相关法律程序，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以获得更有效的帮助。

提示与建议

在**过程中，保持与相关部门的沟通，例如向劳动监察部门举报，或通过法律途径解决。注意保护自己的合法权益，避免因证件被扣押而影响工作或生活。如果遇到类似情况，及时采取行动，维护自己的合法权益。