小规模纳税人的免税额入账需根据是否主动放弃免税政策分两种情况处理，具体如下：

一、主动放弃免税政策（开具3%专用发票）

1. 销售时

   借：银行存款/应收账款 103,000元

   贷：主营业务收入 100,000元

   应交税费—应交增值税 3,000元

   说明：按1%征收率开具发票，但选择放弃减税，开具3%专用发票，需全额计入应交增值税。

2. 申报减免时

   借：应交税费—应交增值税 3,000元

   贷：营业外收入 3,000元

   说明：将减免的增值税计入营业外收入，反映政府补助性质。

二、自动享受免税政策（未达起征点）

1. 销售时

   借：银行存款/应收账款 100,000元

   贷：主营业务收入 100,000元

   应交税费—应交增值税 0元

   说明：销售额未达起征点（如10万元以下），无需计提增值税，直接计入收入。

2. 月末申报时

   借：应交税费—应交增值税 0元

   贷：营业外收入 0元

   说明：因未产生应纳税额，无需做额外分录，但需在申报时备注免税原因。

三、注意事项

• 政策选择 ：主动放弃免税需在开具发票时明确选择，自动免税则无需额外操作。

• 科目使用 ：无论哪种情况，收入均计入“主营业务收入”，增值税减免额统一计入“营业外收入”。

• 税务备案 ：需在税务机关备案免税资格，确保合规性。

以上处理方式适用于小规模纳税人不同场景下的免税政策，具体操作以实际税法规定为准。