公司未将已扣员工的个人所得税上缴至税务机关，这种情况不仅违反了国家税法规定，而且可能给企业和员工带来严重的法律后果和经济损失。企业作为法定扣缴义务人，必须按时足额缴纳所代扣的税款，否则将面临罚款、滞纳金甚至刑事责任的风险。

企业应当了解其在个人所得税征管中的角色是扣缴义务人，这意味着企业有责任从员工工资中扣除应缴税款，并及时向税务部门缴纳税款。如果企业未能履行这一职责，可能会受到税务机关的严厉处罚，包括但不限于对未缴或少缴税款处以50%以上三倍以下的罚款。企业还可能需要支付滞纳金，这会进一步增加企业的财务负担。

对于员工而言，尽管企业在发放工资时已经进行了个税的预扣，但如果这些款项没有被正确地上报并缴纳给税务机关，员工的个人所得税记录将出现不准确的情况。这种情况下，员工可能在未来进行年度汇算清缴时遇到麻烦，因为他们需要补交原本应该由雇主代为缴纳的税款。更为严重的是，员工可能会因为不完整的纳税记录而在申请**、签证等事务中遭遇不必要的障碍。

企业未按规定上缴代扣税款的行为也可能影响到企业的信誉评级和社会形象。一旦被发现存在此类违规行为，企业的信用评分可能会受到影响，从而影响其未来的融资能力和市场竞争力。这也可能导致企业内部士气低落，损害员工对公司的信任感。

为了避免上述风险的发生，企业应当建立健全内部控制机制，确保所有代扣代缴义务得到严格执行。定期检查账目，确保所有的税务申报都是准确无误的，并且及时与税务顾问沟通，了解最新的税收政策变化，确保遵守相关法律法规。

企业应当重视其作为扣缴义务人的法律责任，确保按时足额地将代扣的个人所得税上缴至税务机关。这样做不仅有助于维护良好的企业声誉，还能保护员工的合法权益，促进企业的长期健康发展。如果企业发现自己存在未按时上缴代扣税款的问题，应及时采取措施纠正错误，并积极与税务机关沟通解决问题。