根据权威信息，公司申报的个人所得税取消方式需根据申报状态和是否已扣缴税款分情况处理，具体如下：

一、未扣缴税款的情况

1. 在线撤销

   登录个人所得税APP或电子税务局，在“申报查询”中选择“更正申报”或“作废申报”，提交申请后系统自动作废。

2. 线下办理

   拨打12366个税服务热线，提交书面申请并配合税务机关完成线下作废流程。

二、已扣缴税款的情况

1. 申请退税

   若因错误多缴税款，可通过个人所得税APP或税务局网站申请退税，需提供证明材料（如工资流水、专项附加扣除信息等）。

2. 更正申报

   无法直接作废已扣税申报，需在次月申报时通过“综合所得申报”中的“申报表报送”功能提交更正申请。

三、注意事项

• 时效性 ：撤销操作通常有严格时限（如申报后3个工作日内），逾期可能面临罚款。

• 离职处理 ：离职后需在电子税务局解除办税人员身份，并通知原公司调整申报信息，必要时可向税务机关申诉。

建议优先通过官方渠道操作，并保留所有申请记录以备后续核查。