根据《中华人民共和国税收征收管理法》及《个人所得税法》相关规定，公司代扣个人所得税但未申报纳税属于违法行为，可采取以下措施：

一、处理建议

1. 补申报与抵扣

   若公司未申报，可自行补报，需携带最近两个月的个税申报表及申报数据，通过税务系统或线下渠道完成补缴。

2. 要求公司代扣代缴

   可向公司提出要求，要求其履行代扣代缴义务并补缴税款。若公司拒不配合，可依法追究其责任。

3. 投诉与举报

   • 向税务机关投诉，提供相关证据（如工资条、扣款记录等），要求其介入调查。

   • 若涉及偷税漏税，可向纪检部门或法院起诉，要求赔偿。

二、法律依据

• 《税收征收管理法》 ：扣缴义务人未按期申报或缴纳税款的，将面临滞纳金（每日万分之五）及罚款（拒缴税款1-5倍）。

• 《个人所得税法》 ：扣缴义务人未代扣代缴的，需补缴税款并承担相应法律责任。

三、注意事项

• 补报时效：需在次月15日内完成补申报，逾期可能面临更高罚款。

• 保留证据：保存工资条、扣款凭证等，便于后续**。

若问题复杂，建议咨询专业律师或税务机关获取针对性指导。