公司扣了个税但已申报税额为0，通常是因为‌预扣个税未完成年度汇算清缴‌、‌专项附加扣除未及时填报‌或‌收入未达起征点但企业仍预扣‌。以下是具体原因和解决方法：

1. ‌预扣个税与年度汇算清缴差异‌
   企业按月预扣个税时可能按较高税率计算，但全年综合收入未超6万元起征点。需在次年3-6月通过个税APP完成汇算清缴，系统将退回多扣税款，导致已申报税额显示为0。

2. ‌专项附加扣除未同步企业‌
   若员工未将子女教育、房贷利息等专项附加扣除信息提交给企业，预扣税额会偏高。补填扣除信息后，年度汇算时系统重新核算，可能退税至税额归零。

3. ‌收入波动或中途离职‌
   部分月份工资超5000元触发预扣，但全年总收入不足6万元。企业已预扣的税款会在汇算时全额退还，形成“已扣未缴”状态。

4. ‌企业误操作或系统延迟‌
   少数情况下，企业财务误申报或税务系统数据同步滞后，可能导致已扣税款未及时显示。建议核对个税APP中的“收入纳税明细”与工资条。

‌提示‌：登录个税APP查询完整记录，若确认多缴可申请退税。保留工资条和扣税凭证，必要时联系企业财务或12366税务热线核实。