合法

根据相关法律法规和实务操作，总公司缴纳社保而分公司发放工资的做法是合法的，但需注意以下关键事项：

一、法律与税务要求

1. 劳动合同签订地与社保缴纳地

   员工与总公司签订劳动合同，分公司发放工资，这种安排不违反《劳动法》和《公司法》的规定。分公司作为总公司的分支机构，不具备独立法人资格，其所有资产均受总公司控制。

2. 社保缴纳责任

   社保必须由用人单位（即总公司）在注册地或员工参保地缴纳，分公司无权以自身名义缴纳社保。若分公司未依法缴纳社保，可能面临税务处罚。

二、操作建议

1. 合同与工资发放

   • 员工与总公司签订劳动合同，明确工作内容、薪资待遇等条款。

   • 分公司通过银行代发工资，工资中需代扣社保及公积金，并按时缴纳相关税费。

2. 社保缴纳流程

   • 总公司每月根据工资总额计算社保及公积金应缴金额，通过银行转账至当地社保机构。

   • 若分公司所在地与总公司不一致，需考虑社保转移或委托代理机构办理。

3. 税务合规

   • 总公司需在财务系统中正确核算工资薪金支出，避免重复申报或漏报。

   • 员工个税由总公司代扣代缴，需向员工提供完税证明。

三、注意事项

• 员工权益保障 ：分公司需确保按时足额发放工资及社保，避免因支付问题引发劳动纠纷。

• 风险防范 ：若分公司长期未缴社保，可能影响员工权益，甚至导致总公司承担法律责任。

总公司缴纳社保、分公司发放工资的安排在法律上是可行的，但需规范操作流程，确保合规性。