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根据相关法律法规和搜索结果，分公司与总公司存在以下法律关系，影响社保缴纳和工资发放的安排：

一、法律主体与责任承担

1. 分公司非独立法人

   分公司不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。分公司无法独立承担社保缴纳义务，需由总公司履行。

2. 劳动合同签订

   劳动合同应与劳动者签订，但实际用工单位（即分公司）是履行劳动合同的主体。

二、社保缴纳与工资发放

1. 社保缴纳

   • 分公司缴纳社保的合法性

     与分公司签订劳动合同后，分公司缴纳社保是合法的，符合属地管理原则。 - 若分公司无法独立参保（如资质不足），可由总公司统一缴纳。

   • 特殊情况处理

     若分公司独立核算且具备独立用工资格，可单独缴纳社保，但需承担相应法律责任。

2. 工资发放

   工资必须由用工单位（分公司）发放，总公司可进行统一管理。若总公司直接发放工资，分公司需提供工资发放凭证。

三、税务与财务处理

1. 社保与工资的税务申报

   • 总公司需申报并缴纳员工个人负担的社保部分；

   • 分公司需申报其发放工资部分的社保缴纳情况；

   • 总公司可汇总申报，避免重复缴费。

2. 财务核算

   • 分公司承担工资发放成本，社保费用计入分公司成本；

   • 总公司承担总体的社保缴纳责任。

四、注意事项

• 避免法律风险 ：若总公司未依法缴纳社保，可能面临员工投诉或处罚；

• 合同条款约定 ：可通过劳动合同明确工资发放主体和社保缴纳责任，但需符合法律法规。

分公司缴纳社保、总公司发放工资的安排是合法的 ，但需确保社保缴纳主体资格、工资发放及时性，并规范税务处理。