工资和社保不在同一单位在特定情况下是允许的，但需符合相关法规要求，避免潜在风险。以下是具体分析：

一、允许的情况

1. 跨单位工作

   若员工在多家公司任职（如母公司与子公司），或在不同地区工作，工资与社保可分别由不同单位缴纳，但需确保社保缴纳基数与工资一致。

2. 委托代理机构

   企业常将社保代缴业务委托给专业机构处理，此时工资发放与社保缴纳可能由不同部门负责，属于正常运营模式。

二、需注意的风险

1. 税务合规性

   • 工资与社保基数不一致 ：若社保基数低于实际工资，可能面临税务补缴风险；若高于实际工资，可能被要求调整。

   • 代缴单位与发薪单位分离 ：代缴单位无法扣除工资对应的社保费用，且发薪单位若未代缴社保，可能被认定为临时工，面临个税计算风险。

2. 劳动权益保障

   员工有权要求工资与社保在同一个单位下缴纳，若企业未履行这一义务，可能面临劳动纠纷或法律处罚。

三、建议措施

• 统一管理 ：尽量将工资、社保及个税集中在同一单位（如总公司或工作地公司）办理，便于监管与合规。

• 合同约定 ：通过劳动合同明确工作地点与社保缴纳地，避免因操作差异引发争议。

• 财务调整 ：若存在代缴与发薪分离的情况，需在财务系统中进行相应调整，并在汇算清缴时申报补缴或退税。

工资与社保不在同一单位在合法合规的前提下可行，但需严格管理基数与流程，降低风险。