​​公司代扣个人所得税却未申报属于违法行为，将面临补缴税款、滞纳金及0.5-3倍罚款的行政处罚，情节严重者可能被追究刑事责任。​​ 关键风险包括：企业信用受损、员工权益纠纷、税务机关强制稽查等。以下是具体影响与应对要点：

1. ​​法律责任明确​​
   根据税收征管法，企业作为扣缴义务人若未申报已代扣的个税，税务机关可责令限期补缴，并按日加收0.05%滞纳金；若应扣未扣，罚款金额为未扣税款的50%-3倍。若存在故意隐匿或虚假申报，可能触犯刑法中的逃税罪。

2. ​​企业与员工双重风险​​

   • ​​企业层面​​：除罚款外，未申报行为会导致税务不良记录，影响**、招投标等商业活动。
   • ​​员工层面​​：员工可能因个税未申报被追缴税款，甚至影响购房、落户等个人信用相关事项。

3. ​​稽查触发条件​​
   税务机关通常通过工资流水异常、员工举报或系统比对发现疑点。若企业单月未申报金额超5000元，或长期未履行义务，可能直接立案调查。

4. ​​补救措施建议​​
   发现漏报后应主动补办申报，配合税务机关核查。若已进入稽查程序，需提供完整工资凭证并说明原因，争取减轻处罚。

​​提示​​：企业应建立个税申报内控流程，定期核对代扣数据与申报记录，必要时借助专业机构审计。合规代扣代缴既是法定义务，也能避免法律与声誉风险。