您在个人所得税APP中查不到扣税记录，但劳务公司已实际扣税的情况，可能由以下原因导致，需结合实际情况排查：

一、主要原因分析

1. 系统延迟或信息同步问题

   税务系统可能存在信息更新延迟，导致扣税记录未及时同步至APP。建议等待1-3个工作日后再查询，或联系单位财务确认扣税是否已上传。

2. 查询方式或信息错误

   • 确保APP内个人信息（姓名、身份证号、税款所属期等）准确无误；

   • 检查是否误操作或选择了错误的查询周期（如工资薪金与劳务报酬需分开查询）。

3. 单位未及时申报或处理

   • 单位可能未在规定时间内完成申报，或存在漏报、错报情况；

   • 若单位以“成本”形式处理扣税，可能未在税务系统申报。

4. 特殊扣税情形未覆盖

   若劳务报酬通过第三方代扣或以“临时经营所得”形式发放，可能不在APP的常规所得项目中显示。

二、处理建议

1. 联系单位核实

   要求提供扣税凭证或申报记录，确认扣税是否已上传至税务系统。

2. 耐心等待并复查

   税务系统通常在次月15日前完成申报，建议15天后再次查询。

3. 向税务机关申诉

   若单位拒绝解释或长期无果，可通过个人所得税APP提交申诉，或携带劳动合同、工资条等证据向税务局举报。

4. 关注税务系统公告

   部分特殊扣税情形可能需关注税务机关的专项通知（如临时经营所得申报规则）。

三、法律依据

根据《税收征收管理法》第六十九条，扣缴义务人未申报或未缴纳税款的，税务机关可追缴税款。若单位存在应扣未扣行为，可能面临法律责任。

提示 ：若问题持续且涉及金额较大，建议咨询专业税务律师或向当地税务局稽查部门举报，以维护自身权益。