扣了员工的税但未申报，企业将面临严重的法律后果和财务风险。这种行为不仅违反了税法规定，还可能被追究刑事责任，同时需承担补缴税款、滞纳金及罚款等经济责任。

1. 法律责任

根据《税收征管法》第六十二条，未按期办理纳税申报的企业将被责令限期改正，并可能面临罚款。罚款金额通常为2000元以下，情节严重的，罚款金额可达2000元以上1万元以下，同时需补缴税款并加收滞纳金。若未申报行为构成逃税罪，企业负责人可能被追究刑事责任。

2. 财务后果

未申报税款将导致企业面临滞纳金。滞纳金从税款应缴纳之日起，按日加收万分之五，直至税款补缴完毕。如果企业长期未申报，滞纳金金额将大幅增加，加重企业的财务负担。

3. 企业合规风险

税务合规是企业经营的重要环节。未履行代扣代缴义务的企业不仅会受到税务机关的处罚，还可能影响企业的信用等级和品牌形象。良好的纳税信用是企业参与市场竞争的重要优势，不合规行为可能导致企业失去政府支持或投标资格。

4. 提示与建议

企业应建立完善的税务管理体系，确保按时申报税款，履行代扣代缴义务。定期对税务政策进行学习，避免因疏忽导致违规行为。如已发生未申报情况，应尽快补缴税款并主动与税务机关沟通，以减轻处罚。

税务合规是企业经营的基石，企业应高度重视并严格遵守税法规定，避免因未申报行为造成不可挽回的损失。