工程质量保证金是按结算价还是签约价计算，主要取决于合同约定，通常以结算价为主，但若合同明确约定按签约价计算则从其规定。以下是关键要点解析：

1. 合同优先原则
   双方可在合同中自由约定按工程结算价或合同签约价计算质保金。例如，部分项目约定按结算总价的3%-5%扣留，而特殊情况下可能按签约价的10%执行。

2. 政府项目的通用标准
   使用政府投资的工程，通常以工程价款结算总额为基数，按3%-5%比例预留保证金，结算价更常见。

3. 结算价的实际意义
   结算价反映最终实际工程量，更贴近质保金保障缺陷维修的初衷。若结算价高于签约价，按结算价计算能覆盖更多潜在维修成本。

4. 行业灵活性与注意事项
   无统一标准时，需在签约阶段明确计算方式，避免争议。例如，EPC项目可能采用签约价，而施工总承包多依赖结算价。

总结：工程质量保证金的计算基数是合同核心条款之一，签约时务必明确约定结算价或签约价，并结合项目类型与投资来源灵活选择。